:::Prologue:::
Nous voici en 2008 et l'Homme ignore tout du ciel et de ce qui peut s'y trouver. Depuis des millénaires dans le ciel règnent une armée de dieu ressemblant aux hommes. Ils sont 15 à se partager le ciel. A l'origine ils étaient 20 mais 5 d'entres eux partirent car ils jugeaient leurs semblables trop faibles pour gouverner. Depuis les 15 dieux forment des combattants qu'ils envoient sur terre pour combattre des monstres que les 5 traitres contrôlent.
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:::Histoire actuel:::
Dans la grande ville nommée Ariyama; plusieurs incidents arrivent. Des bâtiments en feu, des explosions dans les métros, des murs explosés dans la ville et beaucoup d'autre chose. Mais le plus étrange est que personne n'est retrouvé sur les lieux à part les morts. Mais jamais on ne retrouve les responsables des incidents. Un jeune lycéen nommé Kira Yamato, agé de 15 années se retrouve un jour prit dans un incendie. Heureusement il est sauvé par une jeune femme en mission nommée Saber. La jeune fille se trouve être une fugitive recherchée par les dieux du ciel comme ceux de l'enfer. Le jeune homme décide alors de l'aider car il en est tombé amoureux. Plus tard la jeune fille va se rendre compte que Shirou possède un pouvoir inhumain et elle va l'aider à le maitriser. C'est alors que les deux héros entrèrent dans une bataille de dieux.